El 16 de julio de 2025, la Comisión Europea publicaba su propuesta de Marco Financiero Plurianual (Multiannual Financial Framework - MFF), la cual contempla el presupuesto a largo plazo de la UE para el período 2028-2034. Además, la propuesta introduce un megafondo denominado "Economic, Social and Territorial Cohesion, Agriculture, Rural and Maritime Prosperity and Security".
Este fondo recoge cinco objetivos generales y una serie de objetivos específicos, entre ellos "apoyar la prosperidad sostenible de la Unión en todas las regiones mediante", entre otros, "apoyar la investigación, el desarrollo y la innovación, incluida la difusión de la innovación en todas las regiones". También hace referencia a: el fortalecimiento industrial con especial mención a las pymes; la transición justa; la transformación digital, entre otros desafíos.
El FEDER, en el marco de este megafondo, trabajará en estricta complementariedad con las demás políticas, fomentando así las sinergias entre ellas. Al tratarse de un fondo de gestión compartida, los programas no son gestionados directamente por la Comisión Europea, sino que se implementan mayormente en colaboración con los Estados miembros a través de los Planes de Asociación Nacionales y Regionales, aunque también se implementará a través del Plan Interreg y de la EU Facility.
Estrategias de Especialización Inteligente (S3)
Las S3 no tienen un rol principal, aunque sí que se mencionan entre la lista de posibles instrumentos regionales a incluir en los planes de asociación. En concreto, en el artículo 75 del fondo, referido al desarrollo territorial y urbano integrado, se menciona "El apoyo al desarrollo territorial se basará en estrategias integradas de desarrollo territorial, incluyendo el desarrollo local participativo, centradas en zonas urbanas, zonas rurales, islas, zonas costeras o cualquier área territorial pertinente, así como en estrategias de especialización inteligente o de transición territorial justa, o en estrategias de descarbonización desarrolladas con el apoyo de instrumentos de la Unión durante el período 2021-2027, considerando, cuando proceda, un enfoque de área funcional y de base local. Los hitos y objetivos correspondientes se establecerán en el Plan."
Estas estrategias integradas, que formarán parte de los planes de asociación, contribuirán a la consecución de los objetivos del Fondo, sin excepciones, esto es contribuirán también a la I+D+I. Esto podría fortalecer el uso del S3 como herramienta, vinculada a objetivos clave y metas medibles, más allá del objetivo de una "Europa más competitiva e inteligente", donde ha sido la condición facilitadora para recibir financiación en el período 2014-2020. Sin embargo, no se llega a especificar cómo se incorporarán las prioridades de innovación específicas de cada región, lo que genera cierta incertidumbre sobre el futuro papel de las estrategias regionales de innovación y, más en concreto, de las S3.
Inversiones Interregionales en Innovación (I3)
El I3 se enmarcaría en la EU Facility que aglutina la mayoría de los programas de gestión directa. En concreto, en el anexo XV: Union actions supported through the Facility del fondo Economic, Social and Territorial Cohesion, Agriculture, Rural and Maritime Prosperity and Security se mencionan las acciones que se ejecutarán, entre ellas:
"(m) support cross-border and multi-country projects, in particular Important Projects of Common European Interest (IPCEI), and interregional innovation investments to strengthen EU value chains via co-investments from multiple project partners; with particular emphasis on development of value chains in less developed regions, contributing to closing the innovation gap, the creation scaling of startups and enhancing cohesion; preparatory, monitoring, administrative and technical activities related to the elements of the reference framework;"
Plataforma de Tecnologías Estratégicas para Europa (STEP)
La iniciativa STEP estará también presente en el Marco Financiero Plurianual (MFP), pero no como un nuevo programa de financiación sino como una plataforma que coordinará y reforzará diferentes programas utilizando el Sello STEP como sello de calidad para facilitar el acceso a otras fuentes de financiación.
Cooperación Territorial (Interreg)
El FEDER, en el marco de Interreg, seguirá apoyando la cooperación transfronteriza, transnacional, interregional y con las regiones ultraperiféricas. Interreg se implementará al margen de los Planes de Asociación Nacionales y Regionales, mediante un Plan Interreg, con el fin de contemplar el contexto específico del objetivo de cooperación y las modalidades de implementación necesarias para proyectos multinacionales, incluyendo las particularidades de sus cuatro modalidades de cooperación territorial.
Además, e FEDER, en el marco de Interreg, puede contribuir a todos los objetivos específicos y a objetivos específicos adicionales para abordar cuestiones específicas como una mejor gobernanza de la cooperación, una Europa más segura y protegida y regiones fronterizas con Rusia, Bielorrusia y Ucrania más resilientes.
